De rechtbank Amsterdam heeft op 19 februari 2007 het beroep gegrond verklaard dat Windesheim tegen het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap had ingediend om een aantal bacheloropleidingen in de provincie Flevoland te kunnen starten. De staatssecretaris van OCW moet binnen zes weken een nieuw besluit nemen.
In 2004 heeft Windesheim uit Zwolle bij het ministerie van OCW een licentie aangevraagd voor het aanbieden van acht opleidingen (commerciële economie, logistiek en economie, management, economie en recht, personeel en arbeid, sociaal pedagogische hulpverlening, pabo, technische bedrijfskunde en verpleegkunde) in een nevenvestiging in Lelystad. Windesheim kreeg destijds slechts één licentie toegewezen, die van verpleegkunde.
Een belangrijke reden voor de weigering van het ministerie was het mogelijk negatieve effect van een nevenvestiging in Flevoland op de instroom van studenten voor opleidingen in het noorden van het land. Windesheim heeft tegen deze weigering bezwaar gemaakt bij het ministerie, dat echter bij zijn besluit bleef. Naar aanleiding hiervan is Windesheim in 2005 een beroepsprocedure gestart bij de Rechtbank Amsterdam. Begin deze week werd dit beroep gegrond verklaard en het eerdere besluit van het ministerie vernietigd.
Binnen zes weken wordt bekend welke beslissing het ministerie van OCW naar aanleiding van deze uitspraak zal nemen.
